Estas cuevas, al igual que cualquier otra, se formó a través de miles de años debido a la erosión del agua en las piedras calizas que son abundantes en esta área de Mesoamérica.

En el periodo prehispánico, los mayas la consideraban un lugar sagrado, al igual que otras cuevas del sur de Guatemala o de Belice; y realizaban rituales en el sitio.

Después de la Conquista del Petén, en 1697, poco o ningún conocimiento se tenía de esta red de cavernas, a lo menos por parte de los españoles y criollos conquistadores, pese a estar tan cerca de la nueva ciudad de Nuestra Señora de los Remedios y San Pablo del Itzá. Fue hasta alrededor de la década de 1920 que se redescubrió el sitio.

Actualmente es un sitio turístico y aún se utiliza por los sacerdotes mayas para hacer rituales en fechas específicas.