Este emprendimiento ferroturístico, hoy de renombre mundial, nace por iniciativa de las autoridades del Ferrocarril General Belgrano quienes, en noviembre de 1971, resuelven hacer correr un tren experimental con funcionarios y periodistas.

El 16 de julio de 1972 se realiza el primer viaje oficial turístico, lo que se mantendrá por 18 años hasta 1990, cuando los ferrocarriles del Estado son privatizados. Desde 1991 hasta el 2014 el emprendimiento turístico «Tren a las Nubes» permanece en manos de capitales privados salteños. En Julio del 2014 el gobernador Dr. Juan Manuel Urtubey decidió crear la sociedad del estado Tren a las Nubes SFTSE para brindar un servicio bajo estándares de calidad y seguridad internacionales.

Según el periodista y escritor Luis Borelli, el nombre «Tren a las Nubes» se debe a un filme en colores realizado por dos camarógrafos tucumanos que, en la década del ’60 antes de la explotación turística- hicieron el tramo Salta / Socompa a bordo del tren. Cuando llegaron al Viaducto La Polvorilla, la máquina hizo una descarga lateral de vapor que, por consecuencia de la baja temperatura del lugar, no se disipó rápidamente y quedó flotando por unos momentos en el aire puneño. El trabajo realizado fue ofrecido al Ferrocarril y luego lo cedió al periodista del Diario Clarín Emilio Petcoff, para que hiciera el guión del documental. El reportero, al observar la filmación, se vio atraído por el chorro de vapor que abrazó a la máquina en La Polvorilla y tituló a ese trabajo «Tren a las Nubes». Posteriormente, Ferrocarriles Argentinos adoptó ese nombre para el único emprendimiento turístico ferroviario que tenía el país en ese entonces, que recorría 217 km del Ramal C14.