San Andrés es un sitio maya prehispánico de El Salvador, cuya larga ocupación se inició alrededor del año 900 a. C. como un pueblo agrícola en el valle de Zapotitán del departamento de La Libertad. Este asentamiento temprano fue desocupado por el año 250 a causa de la enorme erupción de la caldera del Lago de Ilopango, y fue nuevamente ocupado en el siglo V, junto con muchos otros sitios del valle de Zapotitán. Entre 600 y 900 d. C. San Andrés fue la capital de un señorío maya con supremacía sobre los demás asentamientos del Valle.  Las investigaciones y excavaciones en San Andrés se han hecho en el centro político-ceremonial y han revelado que, en un principio, estaba dividida en la Plaza Sur (donde estaban los gobernantes), y la Plaza Norte. En el año 600 la Plaza Sur fue rellenada con adobe (dejando un túnel que conducía a la plaza original), y sobre ella se erigió la Acrópolis, en donde se encuentran las estructuras ceremoniales y políticas. En los extremos sur y oriente de dicha acrópolis se encuentran las pirámides o estructuras «1» (la pirámide principal), «2», «3» y «4»; en los extremos norte y poniente se encuentran una serie de cuartos en donde vivían los gobernantes (los últimos palacios de San Andrés), de los cuales dos han sido reconstruidos; al sur de la acrópolis de encuentra la estructura «7», otra estructura ceremonial. En la Plaza Norte o Gran Plaza, se encuentra la pirámide o estructura «5» (llamada la Campana de San Andrés), la cual está unida con la Acrópolis a través de la estructura «6» (estructura que tiene forma de L). Alrededor de la estructura 5 están las estructuras donde se realizaba el comercio.

La arqueología demuestra que San Andrés tuvo fuertes contactos con Copán y Teotihuacán, y que recibió bienes comerciados desde lugares tan lejanos como los actuales territorios del Petén guatemalteco y Belice. San Andrés colapsó como centro político hacia finales del siglo IX. La última evidencia de actividad prehispánica en el sitio fue entre los años 900 y 1200 como sitio residencial, que consiste en una capa final con fragmentos de incensarios y cerámica pintada con escenas de sacrificio en estilo Mixteco-Puebla, los cuales pertenecen a una fase cultural nueva, denominada como Guazapa, relacionada con la ciudad prehispánica de Cihuatán.

Después de la conquista española, las ruinas de San Andrés se encontraban dentro de una hacienda colonial dedicada a la ganadería y la producción de añil (índigo). Asimismo, debido a la erupción de El Playón en 1658 d. C., el obraje de añil de la hacienda fue sepultado, aunque quedó conservado y casi intacto. En 1996, el Gobierno de El Salvador inauguró el Parque Arqueológico San Andrés, en donde el visitante puede recorrer pirámides, el obraje y el museo de sitio.