El templo de la Compañía fue levantado con las manos de innumerables artistas de la Escuela Quiteña, anónimos la mayoría, quienes perpetuaron su habilidad y entrega para tallar y dorar con fina lámina de oro de 23 quilates cada centímetro de la iglesia.
Durante 160 años se edificó y decoró la iglesia con magníficas obras de arte, muestra de ello son los 16 cuadros de los Profetas, serie pictórica atribuida a Nicolás Javier Goríbar, artista quiteño del siglo XVIII.
Al pincel de Hernando de la Cruz se le corresponden los dos grandes lienzos originales de El Infierno y de El Juicio Final, obras ejecutadas en 1620, cuyos facsímiles pintados por Alejandro Salas en el siglo XIX hoy se ubican en los extremos norte y sur de la iglesia.
Se admiran en las enjutas sobre los arcos de medio punto de la nave central las escenas bíblicas de Sansón y Dalila y de José, hijo de Jacob, obras anónimas del siglo XVIII.
En las naves laterales se destacan 6 imponentes retablos atribuidos a la afamada escuela de arte quiteño del siglo XVIII: el de San José, El Calvario, y San Luis Gonzaga en la nave norte y La Virgen de Loreto, La Inmaculada y San Estanislao de Kostka en la nave sur.
En los transeptos norte y sur sobresalen los retablos gemelos de San Francisco Javier y San Ignacio respectivamente, atribuidos también a Marcos Guerra, y en el presbiterio destaca el dorado del retablo mayor realizado por el gran imaginero colonial quiteño Bernardo de Legarda.
La fachada de la Iglesia es una sobresaliente obra de estilo barroco, construida toda en piedra gris de origen volcánico. Tiene cada espacio cubierto con el más mínimo detalle finamente labrado; así se admiran flores, ángeles, arcángeles, símbolos eclesiásticos y varias imágenes representativas de la Iglesia Católica y de los fundadores de la Orden jesuita.
Dos hechos religiosos importantes están ligados a la Iglesia de la Compañía: uno de éstos fue, la visita diaria de Mariana de Jesús en actitud de oración, primera santa ecuatoriana que se consagró en este templo y lo escogió para morar para siempre. Mariana murió en 1645 (siglo XVII) y es en el altar mayor donde ahora se veneran sus restos. El milagro de la Imagen de la Virgen Dolorosa del Colegio, es también un hecho de fe profunda sucedido en el comedor del antiguo Colegio San Gabriel en el interior del edificio jesuita, el 20 de abril de 1906.
La torre de la iglesia, en época colonial reconocida como la más alta de la ciudad, sufrió dos embates telúricos: en 1859 el primero, luego de lo cual fue reconstruida, y en 1868, año desde el que permanece tal como la conocemos.
Durante los últimos diecinueve años, 1987-2005, la iglesia ha vivido un importante proceso de restauración integral, el mismo que ha sido reconocido por el profesionalismo con el que instituciones nacionales así como centenares de técnicos, arquitectos, restauradores y obreros realizaron, con abnegado trabajo y mística personal para alcanzar la total restauración del templo.
La Residencia San Ignacio y la Fundación Iglesia de la Compañía encargadas de la conservación y mantenimiento del templo le invitan a admirar la Iglesia y de esta forma apoyar en la promoción del compromiso que como ecuatorianos tenemos de preservar este legado cultural.
