En el año 1876, el general Julio A. Roca quien fuera el jefe de Fronteras, ordenaría al teniente coronel Luis Tejedor construir a los 25 km al norte del «Fortín de Malalhue», el «Fuerte General San Martín» en el paraje El Alamito que se ubicaba al sur del río Atuel, cercano a las juntas con el río Salado mendocino.
Diez años después, el 16 de enero de 1886, se fundaría por decreto la «Villa de Malargüe» —sobre la base del fuerte antes citado más conocido como «Fortín El Alamito»— nombre que fue cambiado en virtud de otro decreto del 17 de mayo de 1887 por el de «Villa Coronel Beltrán», al igual que el del departamento, en homenaje al sacerdote que fuera jefe de la maestranza delEjército de los Andes del general José de San Martín.
Por ley del 26 de mayo de 1892, durante la gobernación de Deoclecio García, esta villa con nuevo nombre hacía cinco años, dejaría de ser cabecera de departamento, al ser éste anulado y transformado en distrito dentro del «Departamento 25 de Mayo» que fuera el nuevo nombre del de San Rafael.
El 16 de noviembre de 1950, por la Ley provincial N° 1.937 y ejerciendo el gobierno de Mendoza Blas Brísoli, y con el nombre original, volvería a recobrar la administración del territorio departamental al que le darían nueva denominación: «General Perón». Cinco años después, luego de la autodenominada Revolución Libertadora, dicho departamento también resurgiría su nombre original de Malargüe.
Por sus cielos transparentes encontramos:
En Malargüe también se puede encontrar en Pampa Amarilla el sitio sur del Observatorio Pierre Auger, un experimento internacional de astro-física que busca el origen y naturaleza de los rayos cósmicos ultraenergéticos.
En 2007 se comenzó la construcción de un planetario, inaugurado en agosto de 2008. Cuenta con un sistema de navegación virtual en pantalla de 360 grados, con imágenes tridimensionales. Se extiende sobre un terreno de una hectárea y media. Se trata de cuatro y un domo central con forma de pirámide de 13 m de lado, revestido con tejas triangulares azules que brillan aun de noche. Se accede a dicho domo por una rampa descendente que conduce a una sala redonda con capacidad para 65 personas. Una cúpula semiesférica de aluminio micro perforado, permite observar la inmensidad del cielo. Las proyecciones sobre la semiesfera brindan imágenes tridimensionales de los objetos celestes, haciendo que el visitante imagine estar en una burbuja espacial.8
Además, en el 2009, la Agencia Espacial Europea (ESA) eligió a Malargüe para instalar una estación de apoyo para sus misiones interplanetarias. Para ello se construirá una antena (que será la tercera que instala esa agencia) de 600 tn, 35 m de diámetro y más de 40 m de altura. Servirá tanto para recibir datos de las naves espaciales como para enviarles comandos.9