Está ubicado en el barrio de Getsemaní, que en la antigüedad era una isla separa de la ciudad de Cartagena de indias por medio del Caño de San Anastasio que hoy en día está desaparecido. La propietaria de la isla era Doña Beatriz de Cogollos, quien fue la que donó los solares para la posterior edificación del convento.
Cuando la construcción estaba lista fue fundado por Fray Pedro de la iglesia en 1555.
En 1559 la isla fue víctima de una invasión pirata por Martín Cote de Cabeza que forzó a los religiosos a abandonar el sitio.
En 1560 llegó Fray Francisco de Molina para realizar la fundación definitiva del convento, pero sin embargo en 1570 la falta de limosnas detuvo por un gran periodo de tiempo la construcción de dicho edificio que en el momento constaba de un monasterio, un bohío y una iglesia de madera.
En 1610 fue la primera sede que tomaron los inquisidores cuando llegaron a Cartagena de Indias para realizar sus tareas.
El convento actualmente cuenta con un gran patio que evoca la época de la colonia. Además de esto posee una sede de anticuarios, tiendas de artesanías, dos empresas privadas y galerías.