La Alma Máter inició actividades en esta región con el proyecto UNI desde 1993, en alianza con la comunidad y la Administración Municipal de Rionegro y con el apoyo financiero de la Fundación Kellogg´s. En 1998, se inauguró en Rionegro la sede del Alma Máter en Oriente con la oferta de dos programas de posgrado y en el 2000, el Ministerio de Educación Nacional otorgó el carácter de Seccional, después de una evaluación de su proyección y crecimiento.