Fue fundado sobre el edificio que albergó la Antigua Penitenciaría Central, la cual se fundó en 1909 y estuvo en funcionamiento por 70 años. La Penitenciaría fue clausurada en 1979 en el gobierno de Rodrigo Carazo Odio quedando el edificio en abandono por muchos años.

En 1991, la entonces Primera Dama de la República, Gloria Bejarano Almada, esposa del Presidente Calderón, creó la Fundación Ayudanos para Ayudar, en pro de la creación del Centro, el cual fue inaugurado el 27 de abril de 1994.

Algunas secciones del edificio como la fachada y algunas paredes del ala oeste fueron decretadas Patrimonio Histórico y Arquitectónico de Costa Rica en 1988.

El fin del Centro es fortalecer la educación y estimular el desarrollo científico y tecnológico nacional.