Entre las asociaciones religiosas fundadas en la ciudad de Santiago de los Caballeros, la más destacada fue la Tercera Orden de Penitencia de San Francisco, cuya aprobación se hizo el 30 de noviembre de 1613.

La construcción de la fachada del Templo seguramente se inició a finales del Siglo XVII y concluyó en 1714.

Luego de la muerte del Hermano Pedro, el señor Obispo decidió que el cuerpo se velara en la Iglesia del Oratorio de la Escuela de Cristo, la noche del 25 de abril de 1667, antes del solemne funeral y entierro en la bóveda de sepultura común de los religiosos de la Tercera Orden Franciscana, en el Templo de San Francisco El Grande.

Con motivo de los trabajos de reconstrucción y reparación del mismo Templo, los restos mortales del Hermano Pedro se trasladaron a diferentes capillas en los años 1686, 1692 y 1817.

El Templo y el Convento sufrieron daños considerables por el terremoto ocurrido en 1773.

 La fachada del Templo está flanqueada de dos torres más bajas que la cúspide. La torre del norte es de las campanas, y la del sur era del reloj, pero fue derribada por el terremoto de 1773. En la actualidad, el Templo se encuentra parcialmente reconstruido y es el lugar que más visitan los fieles devotos. El Convento se encuentra en ruinas.

La reconstrucción del Templo de San Francisco El Grande se realizó de 1932 a 1970. Durante ese tiempo, la imagen de Jesús Nazareno del Perdón permaneció en la Capilla de la Tercera Orden en el Templo Nuestra Señora de los Remedios.