El origen de la Fundación ha de situarse históricamente a partir del reconocimiento, por parte de la Comunidad Jesuita, del gran efecto destructor que tuvo en su iglesia el sismo de marzo de 1987. Este evento sacudió la ciudad afectando en gran medida a los edificios religiosos patrimoniales. Los distintos deterioros provocados por el paso del tiempo, la acción humana, las inadecuadas intervenciones y otros daños, se hicieron palpables y evidentes. Por tal motivo era necesario un esfuerzo técnico y profesional para mantener vivo y presente su el templo y su significado para la ciudad.

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A partir de su constitución, la Ficj ha efectuado importantes y oportunas obras de conservación y restauración, con la ayuda de organismos nacionales e internacionales. Cabe ponderar el esfuerzo técnico de instituciones y profesionales ecuatorianos, especializados en el campo de la intervención en el patrimonio cultural.

Sin embargo, no es suficiente la acción física de conservar y restaurar, es importante y determinante, proporcionar también un adecuado mantenimiento para evitar futuros deterioros, siendo ésta una de las labores que cumple la Fundación.

Pero más allá del restablecimiento físico y material, la Fundación busca alimentar la  memoria ciudadana y crear espacios de conocimiento y reflexión sobre del valor e importancia del templo, entendido éste como un bien cultural.
Así mismo la Ficj busca fomentar el interés de todos los ecuatorianos sobre su riqueza patrimonial, siendo la Iglesia de la Compañía un espejo de la identidad ecuatoriana, ya que es el templo barroco ecuatoriano más representativo de Iberoamérica.